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    江梦瑶把这句话写进程序注释,又删掉。</p>

    注释太多,会影响代码结构。</p>

    她重新建立了观测状态和隐状态之间的映射关系,将传统的离散转移矩阵拆成多个局部拓扑单元。</p>

    每个单元只负责一段序列。</p>

    不同单元之间,通过分形边界进行连接。</p>

    这样一来,原本需要整体计算的庞大矩阵,被拆成了数万个可以独立运行的小矩阵。</p>

    维度灾难的根源,来自所有数据必须同时参与计算。</p>

    她要做的,就是让数据分开。</p>

    工作站屏幕上,代码一行行向下滚动。</p>

    江梦瑶左手托着下巴,右手敲击键盘,速度始终没有变化。</p>

    她在脑海里同步推算着矩阵变化。</p>

    传统维特比算法需要不断回溯所有路径,寻找概率最高的那一条。</p>

    这个过程会消耗大量算力。</p>

    江梦瑶直接砍掉了回溯步骤。</p>

    每一段序列只保留局部最优路径,再通过分形边界进行二次修正。</p>

    这样做的风险很高。</p>

    一旦边界函数出现误差,前面的判断就会全部偏移。</p>

    江梦瑶盯着屏幕上的公式,指尖在桌面上轻点两下。</p>

    风险可以接受。</p>

    她要的是新算法,不是给旧算法换一层外壳。</p>

    键盘声持续了整整三个小时。</p>

    她调出一组公开基因数据库,先用一千条样本进行测试。</p>

    程序刚运行十秒,窗口突然弹出一片红色警告。</p>

    内存占用超过百分之九十。</p>

    江梦瑶停下敲键盘,目光落在报错位置。</p>

    问题出在边界函数。</p>

    分形维数设定为一点七五时,局部矩阵会发生重复展开。</p>

    她把参数改成一点六二,又重新运行。</p>

    这一次,内存占用降到了百分之四十。</p>

    准确率却从百分之七十四跌到了百分之四十一,模型直接失去了意义。</p>

    江梦瑶皱起眉头,开始寻找问题到底出现在哪里。</p>

    她不断的移动光标足足花了小半个小时,这才发现问题所在。</p>

    她随手拿起笔,在A4纸上写下两组参数。</p>

    一个负责压缩,一个负责校正。</p>

    单独使用都不够稳定。</p>

    那就让它们交替工作。</p>

    她重新敲入一段控制代码,让分形维数根据样本长度动态变化。</p>

    序列越长,分形维数越低。</p>

    序列越短,分形维数越高。</p>

    局部数据不足时,增加路径保留数量。</p>

    数据足够时,直接关闭多余分支。</p>

    程序再次启动。</p>

    这回,红色警告消失了。</p>

    屏幕下方的进度条开始移动。</p>

    百分之十。</p>

    百分之三十。</p>

    百分之六十。</p>

    江梦瑶端起旁边的冷水喝了一口,继续盯着数据变化。</p>

    另一边,生科院教研室。</p>

    陈建国把手里的实验记录本合上,目光落在吴建华身上。</p>

    “她已经进去四天了。”</p>

    吴建华夹着烟,烟灰落在桌边。</p>

    “你敲过门没有?”</p>

    “敲了两次,里面没动静。”</p>

    陈建国抬手摸了摸额头,</p>

    “一个月写出三区论文,选题、建模、跑数据、整理结果,哪一步都要时间。</p>

    她现在连人都不出来,拿什么完成?”</p>

    吴建华把烟掐灭。</p>

    “老罗呢?”</p>

    “查资料去了。”</p>

    “他怎么还有心情查资料?”</p>

    陈建国把桌上的内网打印件推过去:</p>

    “我看他是准备找江梦瑶的漏洞。”</p>

    话音刚落,办公室门被推开。</p>

    罗成文抱着一摞外文论文走了进来,手里还拎着那只保温杯。</p>

    他的脸色不太好,走到桌边,直接把其中一篇论文摔在桌上。</p>

    “简直是胡闹!”</p>

    吴建华抬起眼皮。</p>

    “你又发什么疯?”</p>

    罗成文抽出一页数据,指着上面的曲线。</p>

    “隐马尔可夫模型,国际上最成熟的算法之一。</p>

    维特比路径经过十年优化,全球实验室都在用。”</p>

    “国内最高准确率是多少?”</p>

    “百分之六十八。”</p>

    罗成文把另一张纸压在上面。</p>

    “国际顶尖团队借超算跑了半年,公开结果也只到百分之七十。</p>

    她一个大一学生,拿一台普通工作站,准备在一个月内推翻底层算法?”</p>

    他的手指敲在桌面上,纸张跟着跳了一下。</p>

    “这叫研究?这叫拿前途赌气!”</p>

    陈建国拿起那份打印件,逐行扫过。</p>

    “她选的是基因序列剪切位点预测。”</p>

    “我看到了。”</p>

    罗成文抓起保温杯,杯底重重碰在桌上。</p>

    “生物信息学的坑,比你们实验室的废弃路线还多。</p>

    样本偏差、噪声干扰、过拟合,每一个都能让她的结果变成废纸。”</p>

    吴建华没接话。</p>

    他翻到打印件最后一页,那里列着江梦瑶下载过的文献名称。</p>

    全是隐马尔可夫模型。</p>

    陈建国合上纸张,声音沉了些。</p>

    “要不我们直接过去,把门敲开。”</p>

    “我去。”</p>

    吴建华站起来,抓起外套。</p>

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    “她再这么熬下去,论文没写出来,身体先垮了。”</p>

    罗成文伸手拦住他。</p>

    “你们谁也别去。”</p>

    吴建华看向他。</p>

    “你刚才还骂她胡闹。”</p>

    “我骂归我骂,门不能敲。”</p>

    罗成文把打印件翻到中间一页,指尖压住一行公式。</p>

    “你们看这里。”</p>

    陈建国凑近。</p>

    “这是她下载的另一篇文献,讲的是分形几何在序列分析中的应用。”</p>

    “这有什么?”</p>

    罗成文没有回答,抓起桌上的黑色水性笔,在空白处写了一个公式。</p>

    “她准备把基因序列映射到分形流形上。”</p>

    吴建华盯着那行公式,烟盒从掌心滑到桌面。</p>

    “这能避开维特比算法的路径冗余???”</p>

    “理论上是有这个可能的”</p>

    罗成文的笔尖停在半空。</p>

    “传统模型把每个碱基当作独立节点,节点越多,路径数量越夸张。</p>

    这些节点和路径会消耗大量的数据和算力,而且路径越多,出错的可能性就越多。</p>

    她要把这些节点放进连续流形,用局部边界代替全局回溯。”</p>

    陈建国喉结动了一下。</p>

    “等于把一张乱网,拆成许多小区域?”</p>

    “还要让小区域彼此共享边界条件。”</p>

    罗成文盯着那行公式,声音慢了下来。</p>

    “如果边界函数构造正确,维度灾难确实能被压下去。”</p>

    吴建华把烟盒推到一旁。</p>

    “你刚才还说她在拿前途赌气。”</p>

    “现在依旧有风险。”</p>

    “那你还拦着我们?”</p>

    罗成文收起笔,拿起外套。</p>

    “我去帮她。”</p>

    陈建国抬头。</p>

    罗成文已经走到门口,又回头补了一句。</p>

    “把我那台备用显示器搬过去,再拿一条网线。</p>

    她的工作站接口太少。”</p>

    吴建华盯着他的背影。</p>

    “你不反对了?”</p>

    罗成文把外套脱下来,搭在椅背上。</p>

    “我反对她一个人做。”</p>

    “那你留下来。”</p>

    “我留下来给她改代码。”</p>

    罗成文说得干脆,甚至把袖口往上卷了两圈。</p>

    “她的程序如果能跑通,这篇论文就别投三区。”</p>

    陈建国的手停在纸面上。</p>

    “你的意思是?”</p>

    罗成文推了推眼镜。</p>

    “二区。”</p>

    他抱起显示器,转身朝门外走。</p>

    “有机会,就冲二区。”</p>

    十分钟后,单身公寓门口。</p>

    罗成文把显示器放在地上,抬手敲门。</p>

    “江梦瑶,开门。”</p>

    里面没有回应。</p>

    他又敲了两下。</p>

    “我带了设备,也带了代码。</p>

    你把接口给我,我替你处理矩阵调用。”</p>

    门内传来键盘声,连续不断。</p>

    罗成文等了几秒,继续开口。</p>

    “你一个人跑程序太慢,论文也需要有人整理。”</p>

    门开了一条缝。</p>

    江梦瑶站在门后。</p>

    她先看了眼显示器,又看向罗成文。</p>

    “这可是计算机代码,老师不是研究数学的吗?”</p>

    罗成文没好气的翻了个白眼。</p>

    “数学是一切的基础,就计算机那些代码,还能难倒我?”</p>

    江梦瑶侧身让出位置。</p>

    罗成文抱着设备进门,把显示器接上工作站。</p>

    屏幕分成两块。</p>

    左侧是源代码,右侧是实时运算窗口。</p>

    罗成文坐到桌边,活动了一下手指,准备接过键盘。</p>

    江梦瑶把键盘抽走。</p>

    罗成文的手停在半空。</p>

    “你这是什么意思?”</p>

    “老师在肯定会影响我的思路。”</p>

    罗成文看着她,脸上顿时露出不满的神色。</p>

    作为清华大学数学系的教授,他还第1次被学生给嫌弃。</p>

    不过,想到刚才出现在脑海中的可能性,他并没有离开:</p>

    “我可以口述。”</p>

    “口述也会打断我的计算。”</p>

    江梦瑶指向门外。</p>

    “你把显示器留下,人出去。”</p>

    罗成文抱着外套站在桌边,想争一句,视线却落到了右侧的运行窗口。</p>

    程序已经完成百分之八十三。</p>

    内存占用百分之四十六。</p>

    他所有准备好的话都被压了回去。</p>

    这才运行了不到一分钟。</p>

    罗成文拿起外套,退到门口。</p>

    “至少把结果发给我。”</p>

    江梦瑶重新敲下回车。</p>

    “等我确定模型没有问题,我自然会发给老师看看。”</p>

    门在他面前合上。</p>

    楼下,吴建华和陈建国正抬头等着。</p>

    陈建国先迎上来。</p>

    “怎么样?”</p>

    罗成文把外套搭在臂弯里。</p>

    “她觉得我会影响她的思路。”</p>

    吴建华愣了两秒,转头看向陈建国。</p>

    “老罗也有今天。”</p>

    罗成文没有理会,指了指楼上。</p>

    “她的模型已经开始运行,先别去打扰。”</p>

    陈建国立刻收起笑意。</p>

    “能跑?”</p>

    “运行上没有问题,准确率有多少就不好说了。”</p>

    罗成文伸出手,接过吴建华递来的烟,却没有点燃。</p>

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    “只要结果没有问题,就算投不了2区,3区也大概率没问题。</p>

    毕竟这可是重新开拓了一个新的思路!”</p>

    消息传回教研室后,几位教授先后赶到家属区。</p>

    他们没有上楼,只守在单元门附近。</p>

    每个人手里都拿着不同资料,谁也不再提敲门。</p>

    第五天,李长明来到楼下。</p>

    他扫了眼守在花坛旁的四个人,手指在文件夹上轻敲。</p>

    “怎么都在这里?”</p>

    吴建华把身体往前挪了半步,挡住通往楼道的路。</p>

    “散步。”</p>

    李长明看了看他手里的实验数据,又看向罗成文。</p>

    “罗教授也有这个习惯?”</p>

    罗成文端着保温杯,目光落在别处。</p>

    “最近空气好。”</p>

    李长明抬头看向三楼窗口。</p>

    窗帘拉得严实,里面没有任何动静。</p>

    他压住嘴角的笑意。</p>

    “江同学还在闭关?”</p>

    “她在做论文。”</p>

    “进度怎么样?”</p>

    李长明把文件夹夹在腋下,语气听着关切。</p>

    “我也不要求她真能发三区,能交一份完整初稿,学校可以酌情处理。”</p>

    吴建华的手指在袖口里收紧。</p>

    这句话听着留情,实际已经把退路摆了出来。</p>

    论文交不上,特权就得收回。</p>

    “不需要!江梦瑶自己能行的!”</p>

    十五天过去,公寓里依旧没有人出来。</p>

    在他看来,这个结果已经足够说明问题。</p>

    天赋可以让人学得快。</p>

    论文需要数据、实验、验证和同行审查。</p>

    江梦瑶的天赋确实很强,但她跑得太快了,最后总要摔下来。</p>

    楼上,江梦瑶敲下最后一行代码。</p>

    程序开始运行。</p>

    数据量三万八千六百条。</p>

    传统模型预计耗时十五天。</p>

    新模型的进度条向前移动,内存占用保持在百分之五十以内。</p>

    整体消耗的算力,甚至比预期的还要低。</p>

    这种算力,随便一个实验室都能够满足。</p>

    10%·······</p>

    33%·······</p>

    99%·······</p>

    江梦瑶靠在椅背上,指尖从键盘上收回。</p>

    屏幕右下角,运行时间跳到二十七分钟。</p>

    进度条抵达100%。</p>

    一行黑色结果出现在窗口中央。</p>

    “准确度: 91.84%。”</p>

    看到这个结果,江梦瑶彻底松了口气。</p>

    经过半个月的奋斗,总算是拿到了想要的数据。</p>

    按照罗教授的说法,目前国际上最先进的70%。</p>

    而她推倒重来,重新构建的这个模型,直接把准确率提高到91%!</p>

    虽然这个模型并不是通用模型,目前只能用于实现基因序列剪切位点预测。</p>

    但是想要通过这个模型,来发一篇顶区的论文,绰绰有余了。</p>

    而且依靠这个思路,想要继续扩展,用于分析其他的生物需求,甚至是摸索出一个通用模型,也不是不可能的事情。</p>

    门外,罗成文刚抬起手刚敲房门,就在他以为江梦瑶又要等好一会才会开门的时候。</p>

    屋内传出江梦瑶清晰的声音。</p>

    “罗老师,二区期刊的名单,准备好了吗?”</p>

    </p>

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